重篤感染症において，病原菌凝集塊や感染巣の組織片が塞栓子として梗塞を来すものをいう。急性細菌性心内膜炎などにより脳，心，肺，腎，脾に感染性梗塞をおこすことが多い。また，副鼻腔炎や歯周病も感染源となることがある。易感染性患者では真菌菌塊による脳梗塞をおこすこともある。