抗凝固薬を用いて血液の凝固能を低下させ心臓，動脈や静脈，体外循環回路内の凝固を阻止する治療法をいう。適応として，脳，心，肺など主要臓器の血栓による虚血性疾患，上下肢の急性動脈閉塞など，また静脈系では深部静脈血栓症に用いられるほか，体外循環では血液凝固を防止するために不可欠である。代表的な薬剤としてヘパリンやワーファリンがあるが，ヘパリンはまた抗トロンビン作用で，ワーファリンはビタミンKに拮抗して血液凝固を抑制する。類似の治療法として，アスピリンなどによる抗血小板療法，ウロキナーゼ, tPA（tissue plasminogen activator）などによる血栓溶解療法がある。