消化管，尿管，心，血管，気管，気管支などの管腔臓器の壁に全層性の穴が開くこと，あるいは開いた状態をいう。消化管において穴があいた部位が隣接する組織，臓器により被覆された状態は穿通と呼んで区別する。腹腔内の消化管が穿孔すると消化管内容物が腹腔内に漏れ，穿孔性腹膜炎をおこす。穿孔の原因としては，外傷，潰瘍，炎症，虚血，壊死，解離などが挙げられるが，内因性疾患を原因とする場合は潰瘍の増悪が多く，胃穿孔や十二指腸穿孔がその代表といえる。外傷の場合には，圧挫，内圧上昇，虚血後の組織壊死などの機序で生じる。穿孔のほかに，破裂，離断という全層性損傷の形態があるが，連続性が保たれている損傷をその大きさにより穿孔，破裂，連続性が完全に断たれている損傷を離断としている。なお，穿孔した場合の治療は手術が基本となる。